פירוק שיתוף בנכס מקרקעין או נדל"ן, במהותו מהווה שינוי וטרנזקציה בנכס, דהיינו הפירוק מהווה מכר ורכישת זכויות המחויבים במיסים. המכר או הרכישה יכולים להיות מלאים – של מלוא הזכויות בנכס, או חלקיים, והמיסוי ייגזר בהתאם לחלק היחסי של הזכויות המועברות במסגרת הפירוק. המיסים החלים בגין פירוק השיתוף יכול שיהיו מס שבח, מס רכישה, מס רווחי הון, היטלי השבחה ומע"מ. כמובן שלא כל המיסים יחולו בכל פירוק, אך יש לבחון את כלל החיובים העשויים לחול, בטרם יציאה למהלך הפירוק, במטרה להגיע לתכנון מס אופטימלי.
קיימים הליכים שיתכן כי בעיני הציבור אינם נתפסים כפירוק שיתוף, אך במהותם מהווים פירוק זכויות משותפות – כגון – רישום בית משותף, הליכי גירושין במסגרתם בני זוג מעבירים בינהם זכויות בדירת מגורים או בנכס מקר' אחר כלשהו, וכן הסכמים בין יורשים. במקרים אלו, החוק מאפשר שינויי בעלות וביצוע רישומים בלשכת הרישום או במוסדות אחרים, ללא הטלת מיסי שבח או רכישה, למעט היטלי השבחה שעשויים לחול בחלק מהמקרים. כך למשל, בחלוקת עיזבון באמצעות הסכם בין יורשים, כאשר היורשים ירשו זכויות משותפות במספר נכסי מקרקעין, ניתן להסכים כי יורש מסויים יהא בעלים של נכס אחד ויורש אחר בעלים של נכס שני, והחלוקה תהא פטורה מתשלום מס.
כאשר שותפים מחזיקים במשותף קרקע פנויה שאינה בנויה, פירוק השיתוף בקרקע, על דרך של מכר הקרקע לצדדים שלישיים יכול להביא לחיובי מס שבח מאד גבוהים, במיוחד אם הקרקע נרכשה לפני שנים רבות, כגון בשנות ה – 60 או ה- 70; מס השבח החל במכירה הוא מס ליניארי רגיל, כאשר מדרגות המס עד לשנת 2001 היו עד 47%; כדי להימנע מתשלומי מס אלו, ניתן למשל לבחון אפשרות של בניית דירות מגורים על גבי המקרקעין, ועם תום בנייתן ניתן למוכרן במיסוי מופחת, היות שהמיסוי על דירות מגורים הוא מס לינארי מוטב, דהיינו מס ששיעורו הגבוה ביותר הוא 25%, מה עוד שבמשטר המיסוי הקיים (נכון לתחילת שנת 2023), שיעור המס אף נמוך באופן ניכר בהתחשב במועד רכישת הקרקע, אך יתכן ויחול שינוי חקיקה בעניין זה. עם זאת, יש ליתן את הדעת כי במידה ויתקיימו סממנים מסחריים באותו הפרוייקט, המיסוי יהא שונה לחלוטין.
דרך אחרת אפשרית לאופטימיזציה והפחתת המיסוי היא פירוק השיתוף שלא בדרך מכירה אלא חלוקה בעין של הנכס – במידה וכל שותף יהא זכאי לקבלת חלק בשווי שתואם את שיעור זכויותיו בנכס, הפירוק כשלעצמו יהא פטור ממס. לדוגמא אם מדובר בחלקה בבעלות משותפת, עליה בנויים מספר מבנים, והשותפים מחלקים את המבנים בהתבסס על שמאות. שותף שלדוגמה הנו בעל 1/3 מהזכויות הרשומות, יקבל מבנה ששוויו הכספי הוא 1/3 משווי כלל המבנים בחלקה. בנסיבות אלו הפירוק יהא פטור ממס שבח ורכישה, אלא אם כן ישולמו תשלומי איזון בין השותפים.
במידה והנכס מוחזק על ידי חברה המוחזקת על ידי מספר בעלי מניות, ניתן לבצע פירוק שיתוף בדרך של פירוק החברה והעברת הנכס לבעל המניות, במקרה זה יחול סעיף 71 לחוק מיסוי מקרקעין, ויביא לפטור (דחיית) מס השבח, והפחתת שיעור מס הרכישה, אך יתכן ויחול מס הקרוי רווח נוסף בפירוק בהתאם לסעיף 71א לחוק מיסוי מקרקעין.
