סיווג ההתאגדות כחברה בעירבון מוגבל, שותפות, אגודה או סיווג אחר, מביאים בין היתר לחיובי מיסוי שונים המיוחדים לאופייה של ההתאגדות הספציפית שנבחרה כפי שהוקמה והתאגדה בפועל על ידי מקימיה. לכל צורת התאגדות חוקים וכללים הרלבנטיים לה. כך למשל, כאשר מדובר בחברה בעירבון מוגבל, משיכת רווחי החברה מחייבת תשלום מס דיבידנד, ואולם במידה והחברה מוגדרת כחברת בית או חברה משפחתית, רואים את רווחיה כאילו התקבלו ישירות בידי בעל המניות, והמס לגבי אותם רווחים יהא בהתאם למדרגות המס של בעלי המניות הפרטיים, כאילו הורם מסך ההתאגדות.
בדומה לאמור, לעיתים גם באגודה חקלאית שיתופית ניתן לערוך מעין "הרמת מסך" רעיונית, ולראות את רווחי האגודה השיתופית כאילו הצטברו ישירות בידי בעלי המניות (המשתתפים) באגודה השיתופית. צורת התאגדות זו נוחה לעיתים כאשר בידי המשתתפים באגודה הצטברו הפסדים אותם הם מבקשים לקזז כנגד הפסדי האגודה השיתופית.
במקרה אחר, חברה שנכסיה המהותיים הנם נכסי מקרקעין או נכסי נדל"ן אחרים תחשב לאיגוד במקרקעין, ולפיכך העברת מניות או הכנסת שותפים לחברה וכיו"ב יחייבו תשלום מס שבח ומס רכישה.
במקרים רבים, עם חלוף השנים, הכדאיות במשטר המיסוי שחל מתחלפת משיקולים רבים כגון שינוי בזהות בעלי המניות או השותפים, או שינוי בעיסוק התאגיד או שינוי בתנאים המסחריים, שינוי תנאי השוק ומתוך שיקולים רבים אחרים. כדי לשנות את משטר המיסוי החל על התאגיד, יש מקום לחשיבה מחדש לגבי סיווג התאגיד, שינוי מבנה התאגיד או שינוי בזהות המחזיקים בו. במקרים אחרים יש לבחון האם ניתן להעביר את נכסי התאגיד, כולם או חלקם, ליישות תאגידית אחרת, במסגרתה המיסוי יהא מיטבי יותר, ויביא להפחתת נטל המס.
בנסיבות בהן נוצר צורך בפירוק חברה, אזי העברת נכסי המקרקעין המוחזקים על ידי החברה לבעלי מניותיה, באופן שהבעלות בנכסים המועברים תוחזק בידיהם באופן ישיר, ולא באמצעות החזקת מניות בתאגיד, חל פטור ממס שבח, שמהותו הוא דחיית המס למועד בו יימכר הנכס על ידי בעלי המניות.
לעיתים שינוי ההתאגדות מצריך מיזוג חברות שונות – מתי כדאי למזג חברות ? כאשר המיזוג ייעל את הפעילות העסקית, כאשר המיזוג עשוי לסייע בהגדלת פוטנציאל הצמיחה של החברה הממוזגת, או כאשר המיזוג יביא ליתרונות מס, כגון במקרה של הפסדים בחברה אחת שניתן לקזזם מול רווחיה של חברה אחרת.
חוק החברות מאפשר מיזוג בשני מסלולים עיקריים – הראשון הוא מיזוג בהסדר בית המשפט, בהתאם לסעיפים 350-351 לחוק החברות, והשני מיזוג הסכמי שאינו מצריך דיון והכרעת בית המשפט. במיזוג חברות בחסות בית המשפט, ייערך דיון במסגרתו תכונס אסיפת בעלי המניות ובמרבית המקרים תכונס גם אסיפת נושי החברה. אישור המיזוג יתבצע בכפוף לרוב מיוחס של 75% מבעלי המניות, ו-50% מהמשתתפים באסיפה.
מיזוג הסכמי – חוק החברות מאפשר לחברה לבצע מיזוג ללא אישור בית המשפט, בהסכמת האורגנים של החברה, בהתאם להוראות סעיפים 314-327 לחוק החברות.
פקודת מס הכנסה מכירה בצורך בשינוי מבנה של התאגדויות, החל מתוך שיקולים מסחריים, ארגוניים וכיו"ב, תוך מתן פטורים והנחות מתאימים, כך למשל במיזוג סטטוטורי ניתן פטור ממס שבח לפי סעיף 103 לפקודה.
סעיף 103כ' מאפשר מיזוג בדרך של החלפת מניות בין החברה המקורית לחברה החדשה.
סעיף 104 מאפשר העברת נכסים לחברה חדשה בתמורה להקצאת מניות בחברה לטובת המעביר. כן מתאפשרת העברת נכס בין חברות אחיות, הפיכת חברת נכדה לחברת אם, וקיימים מקרים דומים נוספים בהם נערך שינוי מבני שמאפשר קבלת פטור ממס.
סעיף 105 לפקודת מס הכנסה דן במקרים הפוכים בהם מפוצלת חברה – בפיצול, חברה שהיתה ישות משפטית אחת, מתפצלת לשתי חברות או יותר. בתהליך הפיצול נוצרת ישות משפטית חדשה אשר קולטת נכסים והתחייבויות מסוימים של החברה המתפצלת, ולמעשה מקבלת הון עצמי- חיובי או שלילי. כך, בפיצול, מאזן החברה המתפצלת מתפצל בין החברה הקיימת לבין החברה החדשה. הסיבות והתמריצים לעריכת פיצול הן אותן הסיבות הקיימות במיזוג כגון – שיקולי התייעלות, רווחיות מוגברת וכיו"ב.
סוגי פיצולים – ההבחנה המקובלת היא בין פיצול אנכי לבין פיצול אופקי. אלה תהליכים שונים זה מזה באופן מהותי. בפיצול אנכי – החברה הקיימת מפצלת ממנה חברה חדשה שהופכת למעשה לחברה-בת של המפצלת. לעומת זאת, בפיצול אופקי, החברה הקיימת מפצלת ממנה חברה חדשה שהופכת למעשה לחברה-אחות של המפצלת.
קיימים מקרים ונסיבות רבים נוספים בהם נדרש שינוי מבני המסייע בין היתר בהקטנת נטל המס או שינוי משטר המס החל על התאגיד או על נכסי התאגיד, ויש כמובן לבחון כל מקרה לגופו בהתאם לעניין ולצרכים המשתנים.
